Скелетният мускул има различни специфични функции (от една страна поддържане на позата от бавните мускулни клетки и от друга, изпълнение на кратки експлозивни високоинтензивни движения от бързите мускулни клетки), което изключва ензимен модел, идентичен с този на сърцето. В отговор на тренировъчните упражнения за издръжливост, бавните червени и бързите червени видове скелетни мускулни фибри, стават по близки структурно до сърдечния мускул със своя ензимен модел по отношение на митохондриалните ензими, включени в образуването на АТР чрез аеробния метаболизъм, гликолитичните и гликогенолитичните ензими и актомиозин АТР-азата.
В действителност два съвсем различни адаптивни отговора на скелетния мускул могат да бъдат предизвикани от редовното изпълнение на тежки силови натоварвания. Характерът на стимула на упражнението определя вида на адаптацията. Единият вид включва повишаване на силата с последваща работна хипертрофия, която се илюстрира в промяна на качествения и количествен състав на цялата мускулатура (вдигане на тежести, борба, силов трибой и т.н.) Вторият тип адаптация включва увеличение на капацитета на мускулите за аеробен метаболизъм с увеличение на тяхната издръжливост, което се проявява в своята най-развита форма у състезателите, изпълняващи бягания на средни и дълги разстояния, при ски-бегачите, колоездачите и плувците. При бяганията например тялото трябва да се повдига и снижава на всяка крачка, при което голямата маса се превръща в недостатък. Трябва да се има предвид, че много физиологични параметри например силата и максималната кислородна консумация, се изразяват на единица телесна маса.
Въпреки че много от видовете физическа активност могат да предизвикат промени в степента и за двата вида адаптация в един и същ мускул, в редица случаи тези адаптации могат да се срещнат съвсем независимо една от друга в своите най-крайни форми. Например в хипертрофираните мускули на щангистите не се появява увеличение на респираторния капацитет, докато в мускулите на гризачите, тренирани в лаобораторна условия чрез продължително ежедневно бягане, показват голямо увеличение на респираторния капацитет, без да настъпва хипертрофия и увеличаване на максималните им силови показатели. Установено е, че кратковременно максимално работно усилие, увеличава броя на миофибрилите в мускулната клетки, както и повишава качеството сила, като в този случай се наблюдава намаление на дела на протеините в саркоплазмата. При продължителни упражнения няма увеличение или намаление на миофибриларния протеин, а се наблюдава увеличение само на саркоплазмения. Промените в миофибриларния и саркоплазмения протеин са обратно пропорционално свързани един с друг при различните видове тренировъчни натоварвания. При продължителните упражнения не е необходимо увеличаване на силата на контракцията и в тези случаи се наблюдава увеличение на саркоплазмения протеин.
Както беше подчертано, сърдечният мускул представлява краен вариант на червения мускул във връзка с което в него се наблюдава голяма гъстота на митохондриите по отношение на цитоплазмата, докато обратното важи за скелетния мускул. Скелетният мускул има относително повече пространство за извършване на гликолитичните реакции, които стават в цитоплазмата, в сравнение с пространството заето от митохондриите, в които протичат окислителните реакции от цикъла на лимонената киселина и е локализирана дихателната верига. Тъй като морфологичните взаимоотношения определят функционалните възможности, в скелетния мускул има приблизително еднакво съотношение между гликолитичния капацитет на цитоплазматичното пространство и способността на митохондриите да разграждат, крайните продукти на гликозата. В съответствие с това гликогенолитичните ензими съставляват 40% от общия разтворим протеин на скелетния мускул.
Проучванията показват, че упражненията, при които се тренира за издръжливост, увеличават протеиновото съдържание на митохондриалната фракция и че увеличението на тоталния митохондриален протеин се дължи на нарастването на големината и броя на митохондриите.
Проучваниятащт митохондриалната фракция от мускулен хомогенат показват, че упражненията, при които се тренира за издръжливост, се увеличава капацитета на скелетните мускули за окисление на пирувата, на дълговерижните мастни киселини, на ацетоацетата, на бета-хидроксибутирата, на ензимите от цикъла на трикарбоновите киселини, на компонентите на митохондриалната дихателна верига и др. Митохондриите в мускулите на тренираните животни имат тясна връзка с окислителното фосфорилиране, което се доказва с това, че увеличението на капацитета за окисление на мастите и въглехидратите се придружава от паралелно увеличениела капацитета на генериране на АТР чрез окислителното фосфорилиране.
Предизвиканите при упражнения адаптивни изменения в броя на митохондриалните ензими са проучени в трите типа клетки на скелетните мускули на плъхове. От тях цитратсинтетазата, карнитинпалмитинтрансферазата, цитохромоксидазата, цитохром С и ацетоацетил-СоА-тиолазата се увеличават приблизително в еднаква степен процентно в трите вида мускулни клетки. В противоположност на това активността на бета-хидроксибутиратдехидрогеназата се увеличава 2,6 пъти в бавните червени мускули и 6-кратно в бързите червени мускули, докато промените в нейното съдържание, в белите мускули не се установяват в експерименти на плъхове, подложени на съответно въздействие.
Известно е че митохондриите в нормалните тъкани на млекопитаещите са непроницаеми за NADH, поради което са предложени голям брой механизми, за да се обясни как NADH се формира по време на окислението на глюкозата (окислителната гликолиза). Най-сполучливото обяснение на това явление е установяването на механизма на малатаспартатовата совалка и обстоятелството, че ензимите, свързани с нейното осъществяване, се увеличават в митохондриите и цитоплазмата на тренираните плъхове.
Един от пътищата за отстраняване на пирувата от скелетния мускул е превръщането му в аланин. При тренирани с упражнения за издръжливост плъхове се установява увеличение на аланинтрансаминазната активност в митохондриите и цитоплазмата, което е свързано с понижаване на продукцията на лактата и развитието на ацидоза в мускула.
Скелетните мускули на плъхове лишавани от протеини, имат по-ниско ниво на митохондриални ензими, отколкото нормалните контроли, в които се наблюдава голямо увеличение на митохондриалното съдържание в отговор на еднакви по количество упражнения за издръжливост при двете групи. По време на имобилизация се наблюдава понижаване на нивото на митохондриалните ензими, което настъпва по различен начин в различните типове мускулни клетки. Например цитохромоксидазната активност на грам мускул е значително намалена в бързо съкращаващите се червени мускулни клетки, но не и в бавно съкращаващите се червени или бързо съкращаващите се бели фибри при плъхове след 4 седмици имобилизация.
Скелетните мускули, миоглобиновото съдържание на които обикновено е строго паралелно на респираторния капацитет, са тъмночервени по цвят, богати на митохондрии и миоглобин, а белите мускули имат нисък респираторен капацитет и съдържат малко миоглобин. При плъхове, подложени на програма от 14 седмици бягане, съдържанието на миоглобин се увеличава приблизително с 80 % в мускулите на задните крайници. Миоглобинът увеличава, размера на кислородната дифузия през течните пластове на цитоплазмата, тъй като има свойството да освобождава кислорода, който е свързан с него, когато локалното кислородно налягане е под 4,0 кРа (30 mm Hg), което стимулира непрекъснатата дифузия на кислород от екстрацелуларната течност към окислителната система на митохондриите. Приема се, че тази функция на миоглобина е по-съществена, отколкото възможността да складира кислород, тъй като неговото количество е много малко.
При тренировка с кратки периоди на упражнение, по-кратки от 30 секунди, с висока интензивност, с реализиране на максимални мускулни контракции се формира главно качеството сила и след това и качеството бързина. Изискванията при този вид упражнения могат да бъдат покрити от креатинфосфатните резерви, поради което при тренировките с такъв характер се увеличава количеството на КФ и на ензимите, свързани с неговото трансформиране, а също и броят на миофибрилите. В тези случаи характерът на мускулната контракция е предимно изометричен, а увеличеният брой миофибрили и складирането в саркоплазмата на богати на енергия фосфати има за последица появяването, на мускулна хипертрофия. Към хипертрофията на скелетния муску има отношение и активността на мотоневроните, които притежават определена трофична функция, свързана с поддържането на мускула в добро функционално състояние. Възможно е повишената честота на нервните импулси до напречнонабраздените мускули по време на упражнение да има фундаментална роля в развитието на хипертрофията. Пълната моторна денервация на скелетния, мускул независимо от причините, които я предизвикват, води до тотална атрофия на контрактилната тъкан, както е например при полиомиелит. Относителната физическа неактивност със съпътствуващото я намаление на нервните импулси предизвиква атония и функционална слабост на скелетния мускул, което е очевидно при лица, водещи заседнал живот. Увеличената, физическа активност при напрегнатата спортна тренировка по необходимост увеличава броя на нервните импулси достигащи до напречнонабраздените мускули, така че добрият мускулен тонус и мускулната хипертрофия са резултат на увеличената активност и на мотоневроните.
Вероятно съществува граница за увеличаване на размерите на отделните мускулни фибри, до които те могат да достигат чрез хипертрофията, без да се развие податливост към тетанични спазми или крампи. В тези случаи характерът на ресинтеза на АТР е анаеробен, налице е формирането на голяма мощност, на т. нар. експлозивна.мускулна сила. По-големият размер на мускула, който се развива при този тип физическо натоварване, се дължи на хипертрофията (т. е. на уголемяването на индивидуалните фибри), а не на хиперплазията (т. е. увеличението на общия брзй на фибрите). Няма доказателство, че клетките на набраздените скелетни мускули претърпяват митоза след 4-5-ия месец на интраутеринния живот на ембриона, от което следва, че зрелите фибри се уголемяват само чрез хипертрофия. Наблюдаваното увеличение на диаметъра на напречното сечение на мускулната клетка, което се появява след хроническите упражнения, както беше споменато и се дължи на увеличения обем на саркоплазмата във връзка със складиране на гликоген и креатинфосфат, т.е. на наличието на по-големи метаболитни резерви и на увеличаване масата, на самите миофибрили. При този вид тренираност, най-често не се наблюдава хипертрофия на сърдечния мускул.